玉门经济开发区始建于1993年，1994年被甘肃省乡企局命名为全省乡镇企业工业示范区，1995年被国家农业部命名为全国乡镇企业东西合作示范区，2006年被国家发改委批准为省级经济开发区，正式命名为“甘肃玉门经济开发区”。2007年被认定为甘肃省农产品加工示范基地。是酒泉市两个省级工业园区之一。

审批玉门经济开发区位于新市区北侧，东至戈壁（清水河向西1.3公里处），南至玉平路（现命名为柳河路），西至南门村、疏龙制管厂西侧、万家河，北至昌马河东干渠。总面积7.1平方公里。